SOAL: KLASIFIKASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI
- Bagaimana cara identifikasi bakteri atas dasar morfologi makroskopisnya?
Dapat dilakukan dengan uji fenorine Secara Makroskopis (tanpa mikroskop)
& Karakteristik Biakan Pada
h Media Bergeys: Kaldu agar miring, Kaldu lempeng Agar, Kaldu nutrisi dan Nutrisi gelatin → (Klasifikasi Cara lama)
h Media selektif (media yg hanya mampu menumbuhkan gol mikroba tertentu) dan Media differensial (yg untuk mikroba tertentu menghasilkan karakter pertumbuhan tertentu pula)
h Bentuk koloni, permukaan koloni, tepian koloni
& Aktivitas biokimia oleh
h Eksoenzim
h Endoenzim
h Enzim pendegradasi antibiotik
Pengujian secara biokimia ini dapat dilakukan serentak dengan suatu alat/Kit (Misalnya Enterotube Multitest system dan analytical Profile index system), lalu data nya dianalisis dengan bantuan computer untuk interpretasinya
& Secara epidemiologi
h Fagovar: jenis virus apa yang mampu menginfeksinya/ melisisnya
h Serovar: jenis antibody apa yang sesuai dengannya (secara imunologi)
- Bagaimana cara identifikasi bakteri atas dasar morfologi mikroskopisnya?
Dengan uji fenorine Secara Mikroskopis (dengan mikroskop)
Bentuk, ukuran, cara pergerakan, cara pembelahan dlsb. Bentuk koloni, permukaan koloni, tepian koloni
Hasil pewarnaan
@ Untuk pengelompokan bakteri (pewarnaan Gram dan ‘acid fast’)
@ Untuk melihat struktur bakteri (flagella, kapsul, spora atau nucleus)
- Bagaimana cara identifikasi bakteri atas dasar aktivitas biokimia menggunakan eksoenzimnya?
Mengidentifikasi bakteri atas dasar aktivitas biokimia menggunakan eksoenzimnya dapat dilakukan melalui empat cara yaitu:
a. Hidrolisis pati
b. Hidrolisis lemak
c. Hidrolisis kasein
d. Hidrolisis gelatin
- Bagaimana cara identifikasi bakteri atas dasar aktivitas biokimia menggunakan endoenzimnya?
Mengidentifikasi bakteri atas dasar aktivitas biokimia menggunakan eksoenzimnya dapat dilakukan melalui cara-cara berikut:
1. Fermentasi karbohidrat
2. Reaksi susu litmus
3. Produksi hydrogen sulfide
4. Reduksi nitrat
5. Reaksi catalase
7. 
Uji oxidase methyl red 8. 
Uji IMViC voges-proskauer 
Penggunaan citrat9. Uji triple sugar iron
- Bagaimana cara identifikasi bakteri atas dasar analisis DNAnya?
Dengan uji Genotipe (=>Taksonomi Genetik)
T Plasmid fingerprinting (sidik jari plasmid)
T Homologi dengan teknik hidridisasi
T Homologi dengan teknik sekuensing/ pengurutan gen 16S rRNA (prokariot) dan 18S rRNA (eukariot)
Cara sekuensing merupakan cara identifikasi dan klasifikasi yang baru dengan memanfaatkan Bioinformatika.
- Bagaimana cara identifikasi bakteri atas dasar uji serologisnya?
Uji Serologi merupakan uji reaksi antara antigen dengan antibodi yang akan menimbulkan aglutinasi. Uji serologi menggunakan antiserum spesifik sehingga sensitifitas atau ketepatan uji serologi relatif tinggi. - Pewarnaan Basil Tahan Asam (BTA) merupakan uji makroskopik yang memiliki nilai diagnosa yang tinggi karena pemeriksaan tersebut dapat memangkas isolasi bakteri yang akan memakan waktu sampai 8 minggu.
Cara pengambilan spesimen harus di perhatikan, contohnya dalam pengambilan sampel darah bukan hanya harus dilakukan secara aseptik untuk menghindari kontaminasi, namun juga harus diperhatikan waktu pengambilannya, karena infeksi bakteri memiliki siklus tertentu. Hati-hati dengan hasil false positive dan false negative. False positif maksudnya dalam sampel seharusnya tidak ditemukan bakteri namun dalam pelaporan / pengerjaan ditemukan bakteri. Hal ini bisa terjadi bila dalam pengerjaan terjadi kontaminasi. False negatif maksudnya dalam sampel seharusnya terdapat bakteri namun dalam pengerjaan / pelaporan tidak ditemukan bakteri. Hal ini bisa terjadi karena kurangnya ketelitian dalam penggunaan ose
- Bagaimana cara klasifikasi bakteri atas dasar taksonomi numerisnya?
Taksonomi numeris membutuhkan informasi mengenai ciri-ciri yang tidak berkaitan. Setiap ciri diberi bobot yang sama dalam membentuk taksa. Kesamaan menyeluruh didasarkan pada proporsi ciri-ciri yang dimiliki bersama. Taksonomi numeris memiliki dua keuntungan. Pertama, tingkat objektivitas lebih tinggi. Kedua, hasil penemuannya dapat diulang-ulang sehingga taksonomiwan lain dapat memperoleh hasil yang sama bila mengikuti prosedur dan data yang sama.
Taksonomi numeris mendeskripsikan persamaan, kemiripan, dan perbedaan karakteristik bakteri. Jaccard similarity coefficient (SJ) menyatakan sifat-sifat yang positif saja, sementara Simple matching coefficient (SSM) menyatakan sifat-sifat yang positif dan negatif. Kedua koefisien tersebut menggambarkan persentase sifat-sifat yang sama antarorganisme.
- Bagaimana cara klasifikasi bakteri atas dasar taksonomi genetik dengan teknik hibridisasi?
DNA bakteri dari dua sumber (A dan B) diisolasi secara genetic
c Kedua rantai DNA dipisahkan dengan cara peleburan
c Setengah dari rantai DNA sumber A digabung dengan DNA sumber B
c Dilihat tingkat kemiripannya dengan DNA rantai induk (sumber A), semakin mirip dan banyak persamaannya, semakin dekat hubungan kekerabatan kedua bakteri tersebut:
ù Jika gabungannya persis sama dengan rantai induk, maka kedua bakteri tersebut identik
ù Jika gabungannya memiliki sedikit persamaan, kedua bakteri dikatakan berkerabat
ù Jika gabungannya tidak memiliki persamaan, kedua bakteri memiliki kekerabatan yang berbeda jauh
- Bagaimana cara klasifikasi bakteri atas dasar taksonomi genetik dengan teknik sekuensing DNAnya?
Metode klasifikasi yang paling cermat adalah keterkaitan sifat genetika antar organisme. Metode ini paling obyektif dan didasarkan pada DNA. Pada tahun 1960, cabang ilmu yang disebut biologi molekuler menggunakan teknik untuk melihat kesamaan DNA antar organisme. Pada mulanya kesamaan yang dibadingkan hanyalah % mol G + C saja. Organisme yang berkaitan erat memiliki % G +C yang sama, sebaliknya organisme yang jauh berbeda memiliki nilai % G + C yang berbeda pula.
Namun demikian, organisme yang tidak berkaitan mungkin saja memiliki % G+C yang sama. Oleh karena itu dicari metode perbandingan yang lebih cermat dengan cara membandingkan urutan dari nukleotida. Urutan nukleotida inilah yang merupakan ciri dasar suatu organisme. Metode yang sering digunakan untuk melihat keterkaitan genetik adalah :
h Homologi DNA
DNA dipanaskan sehingga terurai menjari untaian tunggal. Untaian tunggal ini kemudian dicampur dengan organisme lainnya dan didinginkan kembali. Bila dua organisme ini berkaitan erat maka akan terbentuk Heterodupleks. Ini berarti untaian dari satu organisme akan berpasangan dengan untaian dari organisme lainnya. Bila tidak ada keterkaitan tidak akan terlihat heterodupleks. Metode ini paling berguna dalam tingkat klasifikasi species.
h Homologi RNA ribosom dan ribosomal RNA oligonukleotida
Dua organisme dapat saja tidak erat kaitannya, tetapi masih memperlihatkan homologi DNA. rRNA yang disandi oleh sebagian DNA yang disebut sebagai RNA sistron. Pada bakteri ternyata rRNA cistron ini “highlyy conserved” lestari. Ini berarti bahwa selama evolusi cistron ini memperlihatkan perubahan yang lebih sedikit di badingkan dengan bagian DNA yang lain
- Apa Beda Prinsip antara Cara Pengelompokan Bakteri Menurut Bergeys Manual dan Menurut cara pengelompokan yang baru? Bagaimana hasil pengelompokan masing-masing cara di atas
| Bergeys Manual | Cara Baru |
| Bedasarkan uji fenotip (sifat yang nampak dari luar yang dapat teramati) | Berdasarkan uji genotip (pengujian terhadap DNA bakteri) |
| Menggunakan media-media penumbuh bakteri, seperti agar miring, kaldu nutrisi,dll, serta menggunakan mikroskop untuk mengamati morfologi bakteri | Menggunakan cara-cara tertentu untuk uji DNA, misalnya dengan cara plasmid finger printing, teknik hibridisasi, teknik Squencing |
| Didasarkan kemampuan tumbuh pada media tertentu ataupun morfologinya, seperti bentuk koloni, bentuk tepian, permukaan, ukuran, pergerakan, dsb | Didasarkan pada persamaan-perbedaan susunan DNA dalam kromosomnya |
| Pengamatan membutuhkan waktu lebih lama karena dilakukan manual | Pengamatan membutuhkan waktu lebih singkat karena menggunakan alat tertentu |
- Bedakan Keempat Kelompok Bakteri menurut Bergeys atas dasar Komponen dinding selnya?
|
| Gram positif | Gram negatif | Mikoplasma dan beberapa archaea | Sebagian besar archaea |
| Dinding sel | Murein tebal | Murein tipis | Tidak ada | Komposisi bervariasi |
| Membran luar | Tidak ada | ada | Tidak ada | Tidak ada |
12. 
Bedakan Keempat Kelompok Bakteri menurut Bergeys atas dasar cara reproduksinya?
13. Bedakan Keempat Kelompok Bakteri menurut Bergeys atas dasar bentuk selnya?
a. Kokus
Sel bakteri yang berbentuk seperti bola atau elips dinamakan kokus. Kokus muncul dalam beberapa penataan yang khas bergantung pada spesiesya dan mempunyai beberapa variasi sebagai berikut:
§ Mikrococcus, jika kecil dan tunggal (single)
§ Diplococcus, jka bergandengan dua-dua
§ Pneumococcus, diplococcuss yang berbentuk lanset, gonococcus adalah diplokokus yang berbentuk biji kopi.
§ Tetracoccus, jika bergandengan empat dan membentuk bujur sangkar
§ Sarcina, jika bergerombol delapan sel yang tersusun rapi dalam bentuk kubus
§ Staphylococcus, jika bergerombol tak teratur seperti untaian buah anggur
§ Streptococcus, jika bergandengan membentuk rantai
b. Basilus
Sel bakteri berbentuk silindris atau seperti batang dengan panjang bervariasi dari 2-10 kali diameter kuman tersebut dinamakan basilus. Ujung beberapa basilus tampak persegi, yang lain bundar, dan yang lain lagi meruncing atau lancip seperti ujung cerutu. Kadang-kadang basilus tetap saling melekat satu dengan yang lainnya, ujung dengan ujung, sehingga memberikan penampilan rantai.
Bakteri ini mempunyai variasi sebagai berikut:
§ Cocobacillus, batang yang sangat pendek menyerupai kokus
§ Fusiformis, dengan kedua ujung batang meruncing
§ Streptobacillus, sel-sel bergandengan membentuk suatu filamen
c. Spiral
Bakteri berbentuk spiral, atau spirilum, terutama dijumpai sebagai individu-individu sel yang tidak saling melekat. Spiril adalah bakteri yang berbentuk lengkung dan mempunyai variasi sebagai berikut:
§ Spirilum, berbentuk spiral kasar dan kaku, tidak fleksibel dan dapat bergerak dengan flagel
§ Spirochaeta, berbentuk spiral halus, elastik, dan fleksibel, dapat bergerak dengan aksial filament.
d. Vibrio, berbentuk batang bengkok atau seperti koma.
Cooks do not use a strong acid such as hydrochloric acid; they use instead a weak acid such as potassium hydrogentartrate (potassium hydrogen-2,3-dihydroxybutanedioate or potassium hydrogen-2,3-dihydroxysuccinate), also called cream of tartar. The formula of this acid is:
